β2微球蛋白(BMG;β2-MG)由B2M基因编码。它位于细胞表面的α3链旁边。与α3不同，β2没有跨膜区。在β2的正上方（即离细胞更远）是α1链，它本身就在α2的旁边。β2微球蛋白不仅与MHC I类分子的α链结合，而且还与I类分子如CD1、MR1、和Qa-1（异体抗原的一种形式）结合。它的另一个功能是与HFE蛋白相关联，共同调节肝脏中血球素的表达，血球素针对肠细胞基底膜和巨噬细胞细胞膜上的铁转运体ferroportin进行降解，分别导致从食物中摄取的铁减少和从MPS（单核吞噬细胞系统）中回收的红细胞释放的铁减少。这一功能的丧失会导致铁过量和血色素沉着症。